Vakavimmat levottomuudet sattuivat Keski-Aasian ja Kaukasian neuvostotasavalloissa, jolloin riidat koskivat yleensä kansallisuuksien välille vedettyjen hallinnollisten rajojen kulkua. Noilla alueilla neuvostotasavaltojen rajat oli määritetty Stalinin hallinnon aikaan.
Armenian ja Azerbaidzhanin välinen kiista Vuoristo-Karabahista kärjistyi avoimiksi taisteluiksi ja sodaksi ilman, että neuvostoarmeija olisi aluksi kyennyt tai halunnut ryhtyä tehokkaaseen kriisinhallintaan. Asevoimien rakenne ja koulutus oli tähdännyt suursodan käymiseen, eikä sisäisiin selkkauksiin ollut käytettävissä riittävästi kriisinhallintajoukkoja.
